Bestimmte Erkrankungen erfordern eine intensivere Reinigung des Käfigs als im Regelfall. Normalerweise reicht es vollkommen aus, stark verschmutzte Teile des Käfig und seine abwaschbaren Bestandteile (Bodenwanne, Inneneinrichtung, Gitterstäbe) mit heißem Essigwasser abzureiben und anschließend mit klarem Wasser nachzuspülen. Auf eine zu häufige Komplettreinigung des Käfigs sollte allerdings im Normalfall verzichtet werden und ist auch nicht notwendig! Diese Prozedur bedeutet nämlich für unsere empfindlichen Hamsterchen zu vermeidenden Stress pur und verkürzt nur unnötig ihre Lebensdauer!

Hamster reagieren sehr empfindlich (Atemwegs- und Augenprobleme können die Folge sein) auf scharfe Haushaltsreiniger. Deshalb verzichtet bitte auf derartige Reiniger und benutzt lediglich Essigwasser oder neutrale und/oder unparfümierte Schmierseife (Kernseife).

Die bei einigen Krankheiten unvermeidbare hygienische Intensivreinigung des Käfigs umfasst folgende Arbeitsschritte:

• Alle abwaschbaren Käfigbestandteile mittels klarem Wasser von groben Schmutz befreien
• Unempfindlichen Käfigbestandteile mit einem handelüblichen Ungezieferspray/Desinfektionsspray, beispielsweise Bactazol, Frontline, ProCare Käfigrein oder ProCare Ungezieferspray einsprühen und einwirken lassen (siehe Flaschenaufdruck oder Beipackzettel, Materialverträglichkeit stets vorher an unauffälliger Stelle prüfen)
• Die Umgebung des Käfigstandortes reinigen. Bei Parkett- , Fliesen- oder Laminatböden reicht in der Regel das ordentliche Wischen mit einem geeigneten handelsüblichen Bodenpflegemittel. Teppichböden können mittels einem geeigneten Ungezieferspray für Textilien (auch erhältlich als Bio-Variante, beispielsweise Neemol) eingesprüht werden - anschließend den Raum gut auslüften. Hier gilt ebenfalls die Gebrauchsanweisungen des Herstellers (siehe Beipackzettel bzw. Flaschenaufdruck, einschl. Materialverträglichkeitstest) zu befolgen. Auch während Ihr das Umgebungsspray benutzt achtet auf eine ausreichende Raumbelüftung, da einige Sprays für unsere Atemwege sowie die des Hamsters schädlich sind. Setzt Euren Hamster während der Reinigungsprozedur bestenfalls in eine Transportbox und stellt diese in einen Raum in dem Ihr nicht mit dem Umgebungsspray herumsprüht. 
• Die mit Ungezieferspray behandelten abwaschbaren Käfigteile nach der empfohlenen Einwirkzeit gründlich mit heißem Essigwasser oder Kernseife abwaschen sowie gut auslüften und trocknen lassen.  
• Einrichtungsgegenstände aus unbeschichtetem Holz können bei ca. 100 Grad für mindestens 45 Minuten unter Aufsicht (Brandgefahr) im Backofen "desifiziert" werden - Parasiten und Bakterien sterben durch die "Backprozedur" ab! Sind die Holzteile stark verunreinigt (durch Urin oder Kot o.ä.) könnt Ihr versuchen diese vorher mit Essiwasser vorsichtig abzuwaschen (eventuell kann die Befeuchtung bestimmter Holzsorten dazu führen, dass diese aufquellen und hinterher unschön aussehen oder sogar ganz kaputt gehen). Verklebte/verleimte Holzgegenstände können ebenfalls durch die Ofenwärme an der Klebenaht aufgehen (Leim/Kleber wird flüssig).
• Stroh- oder Heunester und/oder Tunnel können von Ungeziefer befreit werden, in dem Ihr diese in einem Gefrierbeutel für 2-3 Tage im Gefrierfach/Gefriertruhe aufbewahrt. Anschließend solltet Ihr die Sachen an der Luft (niemals auf die Heizung zum trocknen legen!) gut austrocknen lassen.
• Materialien aus Ton oder Keramik können entweder grundlich abgewaschen und desinfiziert werden (siehe oben) oder bei ca. 2 Minuten in einem Mikrowellengerät bei ca. 600 Watt unter Aufsicht von Ungeziefer o.ä. befreit werden. Bei dieser Prozedur besteht ebenfalls die Gefahr, dass die dadurch gereinigten Käfigbestandteile evtl. Schaden nehmen (zersplittern, einreißen, verformen oder die Beschichtung abplatzt)!
• Eine weitere sichere aber kostspieligere Möglichkeit ungewünschte Bakterien oder Parasiten aus Einrichtungsgegenständen zu entfernen ist: Alle Einrichtungsgegenstände vernichten und durch neue ersetzen.