Die Körperlänge des Goldhamsters beträgt im Durchschnitt ca. 15-20cm. Weibchen sind in der Regel mit ca. 120g bis 180g Körpergewicht etwas schwerer und größer. Im Vergleich dazu beträgt das Körpergewicht eines ausgewachsenen Goldhamstermännchens ca. 100g bis 150g. Natürlich gibt es wie bei allen Säugetieren auch beim Goldhamster kleinere und größere sowie leichtere und schwerere Tiere.

Wie alle Hamsterarten besitzt auch der Goldhamster sogenannte Backentaschen (Saccus paraoralis), welche in der Mundhöhle beginnen und bis fast zu den Hinterläufen reichen. Diese mit Haut und Borstenhaaren ausgekleideten Ausstülpungen der Wangenschleimhaut dienen dem kurzfristigen Transport von nahezu 20 Gramm Nahrung (Getreidekörner, Früchte, Gemüse). Hamsterweibchen sind sogar in der Lage ihre Jungen während einer Gefahrensituation in diesen zu verstecken und in Sicherheit zu bringen. Beobachtet man einen Hamster bei der Entleerung seiner Backentaschen ist festzustellen, dass er dafür häufig seine Vorderpfötchen zur Hilfe nimmt. Weiterhin besitzen Hamster, wie auch wir Menschen sogenannte Speicheldrüsen, die Glandula parotis=Ohrspeicheldrüse und Glandula submandibularis bzw. mandibularis=Unterkieferspeicheldrüse. Die Speicheldrüsen dienen der Produktion von Gleitspeichel in der Mundhöhle und erleichtern den Schluckakt sowie den Transport von Getreidekörnern in die Backentaschen.

Die beiden Vorderpfötchen des Hamsters besitzen vier Endgliedmaßen, oder Vorderzehen und einen rudimentär vorhandenen Daumen. Das kräftigere Hinterbeinpaar dagegen besitzt fünf vollständig ausgebildete Zehen (ähnlich wie bei uns Menschen). Die im vorderen Bereich der Zehen befindlichen Krallen (Hornausstülpungen) dienen dem Kletter-, Putz-, Kratz- und Wühlritual durch unwegsames "Gelände". In der Regel nutzen sich diese regelmäßig ab und werden nur selten zu lang, sodass sie manuell gekürzt werden müssen. Die Vorderpfötchen finden Verwendung beim Festhalten von Nahrungsbestandteilen oder zum Klettern und Wühlen. Die Hinterpfötchen sind aufgrund ihrer relativ großen Standfläche ideal für das Aufrichten des Oberkörpers, um einen guten Überblick zu erhalten.

Der Goldhamster hat im Ober- und Unterkiefer jeweils zwei ständig nachwachsende wurzeloffene gelblich schimmernde Nage- oder Schneidezähne (Incisivi) sowie insgesamt sechs Backenzähne (pro Seite jeweils drei im Ober- und Oberkiefer). Die scharfen Nagezähne erlauben das aufbrechen und benagen von harten oder schalenhaltigen (Nüsse etc.) Nahrungsbestandteilen. Auf der Oberfläche der Backenzähne befinden sich kleine Kauhöcker, welche dem Zermahlen von Nahrungsbestandteilen dienen. Die Backenzähne haben wie bei uns Menschen eine mechanische Kaufunktion im Sinne der Vorverdauung von Nahrung innerhalb der Mundhöhle. *** Durch das ständige nachwachsen der Nagezähne solltet Ihr unbedingt dafür Sorge tragen, dass Eurem Hamsterchen neben dem Trockenfutter immer ausreichend Nagematerial zur Verfügung steht. Dafür eigenen sich beispielsweise die Äste oder Zweige (ohne Blätter) von: Birnen- und  Apfelbaum, Pappel, Weide, Haselnuss, Buche, Erle, Ahorn - NIEMALS Äste o.ä. von Nadelhölzern verfüttern! Auf Äste oder Zweige von Kernobstbäumen (Kirsche, Pflaume etc.) sollte ebenfalls verzichtet werden.

Von der Mundhöhle gelangt die eingespeichelte und gekaute Nahrung über die Speiseröhre in das Hamsterinnere, den Magen (Ventriculus). Anders als bei uns Menschen besitzen Hamster einen zweigeteilten Magen, den Vor- und Drüsenmagen. Der drüsenlose Vormagen dient in erster Linie zum Einweichen sowie der Aufspaltung und Energiegewinnung durch Mikroorganismen von zellulosehaltigen (Hauptanteil pflanzlicher Zellwände) Nahrungsbestandteilen. Im Anschluss wird der Speisebrei zeitweise durch einen ringförmigen Knorpel in den Haupt- oder Drüsenmagen abgegeben wird. Im Drüsenmagen beginnt die eigentliche enzymatische Verdauung und Voraufspaltung der einzelnen Nahrungsbestandteile bevor diese wiederum für die weitere Aufspaltung der Nährstoffe an den Darm (3 Abschnitte des Dünndarms: Zwölffinger-, Leer- und Krummdarm, Dickdarm, Mastdarm (Enddarm) mit Darmausgang) abgegeben werden. Dem Krummdarm schließt sich der Blinddarm an, welcher eine Vielzahl von lebensnotwendigen verdauungsfördernden natürlichen Bakterien enthält.

Hamster fressen, wie viele andere Tiere (Kaninchen, Chinchillas, Meerschweinchen, Affen etc.) auch, ihren ausgeschiedenen Blinddarmkot (Koprophagie), um beispielweise Vitamin-B Mangelzustände bei unzureichender Fütterung auszugleichen. Der Blinddarmkot unterscheidet sich vom normalen Kot, indem er von etwas weicherer Konsistenz ist und strenger riecht und in der Regel sofort nach dem Auscheiden gefressen wird. Für Hamster ist die Koprophagie nicht lebensnotwendig, da sie keinen reinen Pflanzenfresser sind, wie beispielsweise Meerschweinchen, Kaninchen und andere. Diese können bestimmte pflanzliche Nährstoffe nicht mittels einem Darmdurchgang verwerten und aufnehmen (resorbieren). Der Blinddarmkot und die darin noch enthaltenen Nährstoffe wurden im Verlauf der Verdauung durch bestimmte Bakterien "aufbereitet" und können durch die Koprophagie in einem zweiten Darmdurchlauf vom Organismus verwertet werden. Hamster sind in der Lage durch die aufgenommenen tierischen Eiweißquellen (Milchprodukte, Mehlwürmer, Gammarus etc.) verschiedene Vitamin-B-Komplexe sowie Vitamin-K im Organismus zu resorbieren.

An der Verdauung und dem Abbau und Abtransport von Endprodukten sind viele Organe (Speicheldrüsen, Gallenblase, Leber, Nieren, Harnblase, Bauchspeicheldrüse, Milz etc.) beteiligt.

Das Knochengerüst eines Goldhamsters ähnelt dem eines jeden Wirbeltiers, nur das dieses sehr viel feiner strukturiert ist. Wer bereits einen Goldhamster in den Händen gehalten hat, merkt ziemlich schnell wie "zerbrechlich" und feingliedrig sie sind. Die Wirbelsäule besteht aus 7 Hals-, 13 Brust- und 6 Lendenwirbeln. Daran knüpft sich das Kreuzbein mit 3 Wirbeln und der Schwanzbereich mit ca. 12 Wirbelkörperchen.  Auch wenn die Knochen des Hamsters relativ elastisch sind, schützt dieses nicht vor Knochenbrüchen. Goldhamster können beispielsweise keine Höhen einschätzen und wenn sie sich bedroht fühlen sind sie in der Lage unwillkürlich aus großen Höhen zu springen. Bereits ein Sturz von mehr als 30cm kann lebensbedrohliche Folgen (Genick- oder Schädelbrüche) oder komplizierte Knochenbrüche (Becken, Wirbelsäule, Extremitäten) haben. Also passt stets auf Euren kleinen Schützling auf, dass er nicht während des Freilaufes in der Wohnung auf hohe Gegenstände klettert, von denen er nicht alleine wieder herunter kommt und aus Verzweifelung einfach drauflos springt. Auch die Käfigeinrichtung sollte so eingerichtet sein, dass Stürze von Zwischenebenen oder während Kletteraktionen am Gitter entlang abgefedert werden - denn Hamster verfügen durch ihre zu kurzen Vorder- und Hinterbeine über kein inneres "Abfedersystem", wie beispielsweise Katzen. 

Fällt Euer Hamsterchen trotz aller Vorsichtsmaßnahmen von einem höheren Gegenstand herunter, wird er vermutlich erstmal verängstig und vor Schreck in eine "Totenstarre" auf den Rücken fallen. Gebt ihm ein paar Minuten und geratet nicht gleich in Panik. Bewegt er sich nicht nach kurzer Zeit von alleine, redet ihm leise und mit ruhiger Stimme zu und streicht ihm vorsichtig über den Körper. Anschließend solltet Ihr ihn kritisch beobachten, ob er humpelt, hinkt oder Lähmungserscheinungen zeigt. Im Zweifelsfall tastet Ihr ihn vorsichtig nach evtl. Verletzungen ab und sucht schnellstmöglich einen Tierarzt oder Nottierarzt in Eurer Umgebung auf.

Eine weitere Besonderheit weisen Hamster durch ihre Duft- oder Flankendrüsen (sekretreiche Talgdrüsen) auf. Diese befinden sich erkennbar als schwarze kreisförmige Punkte, ähnlich einem menschlichen flachen Muttermal, seitlich an der Oberfläche der Haut im beidseitigem Flankenbereich. Hamster besitzen keine Schweißdrüsen. Die Talgdrüsen sondern ein unverwechselbares und für den Hamster wiedererkennbares markierendes Sekret ab. Reibt das Hamsterchen seine Flanken an Gegenständen im Käfig oder während des Freilaufes, wird das Sekret abgegeben und der jeweilige Gegenstand ist mit seiner eigenen Duftmarke markiert. Dieses Ritual dient - zusätzlich zur Absonderung anderer Duftmarken über den Kot, Urin oder das Scheidensekret weiblicher Hamster - der Orientierung sowie der Kennzeichnung des "eigenen Reviers" gegenüber anderen Artgenossen sowie als "Steuerungszentrale" von Geschlechtshormonen beim Paarungsverhalten .

Zur weiblichen Anatomie von Goldhamsterweibchen siehe auch hier